Biodiisel kütust võib kasutada põhimõtteliselt kõigis mootorisüsteemides, mis on mõeldud diiselkütuse kasutamiseks. Biodiisel kütust võib ka segada fossiilse diiselkütusega põhimõtteliselt igas vahekorras. Ettevaatlik tuleks aga biokütusele üleminekul olla järgmistel juhtudel:
- Vanemate mootorite puhul, milles seni on kasutatud naftast toodetud diiselkütust, võib esmakordne biodiisel kütuse kasutamine põhjustada kütusefiltri ummistust, kuna ühekorraga vallandub kogu küttesüsteemi mustus ja selle kogus võib olla suurem kui kütusefiltri puhastusvõime.
- Biodiisel võib pikema kasutamise korral kahjustada vanemate mootorite küttesüsteemi kummidetaile (voolikuid) ja need tuleks biodiisli kasutamisel välja vahetada biodiislikindlate detailide vastu. Uuematel mootoritel on enamasti juba kasutusel biokütusele sobivast materjalist kummidetailid. Täpsema info peaks küsima tootjate käest.
Välistemperatuuri nõuded Biodiisli külmakindlus sõltub kõige enam algmaterjalist. Lisanditeta on biodiisel kütuse külmakindlus +20°C kuni -15°C. Külmakindluse tõstmiseks kasutatakse spetsiaalseid manuseid, millega saab biodiisli külmakindluse tõsta kuni -30°C. Üheks võimaluseks tõsta biodiisli külmakindlust on biokütusele fossiilse talvise diislikütuse lisamine.
Eesti Vabariigis mootorikütusena kasutatav diislikütus peab vastama standardile EVS-EN 590
Eestis loetakse suveperioodiks ajavahemikku 1.mai kuni 30.september ning talveperioodiks ajavahemikku 1.detsember kuni 29.veebruar. Üleminekuperioodiks loetakse ajavahemikud 1.oktoober kuni 30.november ja 1.märts kuni 30.aprill. Üleminekuperioodi diiselkütus võib vastata kas suvise või talvise diiselkütuse nõuetele. Sõltumata formaalsetest perioodidest tuleks kütuse kasutamisel lähtuda reaalsetest ilmastikuoludest.